Një nga të dyshuarit si organizator kryesor i sulmeve terroriste të 11 shtatorit 2001 në Shtetet e Bashkuara të Amerikës pritet të dalë para një gjykate ushtarake amerikane në qershor të 2008-ës. Mediat amerikane bëjnë me dije se ndonëse data është përcaktuar, procesi mund të shtyhet pasi disa çështje procedurale mbeten ende të pazgjidhura.

Një nga çështjet kryesore lidhet me provat që do të lejohen të përdoren gjatë gjyqit.

Pas arrestimit, ai u mbajt në burgje sekrete të CIA-s, përfshirë një qendër në Poloni, ku iu nënshtrua marrjeve në pyetje dhe torturave. Në shtator 2006, ai u transferua në burgun ushtarak amerikan në Gjirin e Guantanamos, ku ndodhet ende. Në korrik 2025, një gjykatë apeli në SHBA rrëzoi një marrëveshje për pranimin e fajësisë, sipas së cilës Mohammed dhe dy të burgosur të tjerë do të pranonin fajësinë në këmbim të shmangies së dënimit me vdekje.

Çështja ndaj Mohammed është pjesë e një prej proceseve më të gjata ligjore që lidhen me sulmet e 11 Shtatorit, të cilat shkaktuan vdekjen e rreth 3,000 njerëzve në SHBA.

Burgu i Guantanamos, i vendosur në një bazë detare amerikane në territorin kubanez të marrë me qira nga SHBA-ja, u hap pas sulmeve të vitit 2001 me urdhër të presidentit të atëhershëm amerikan, George W. Bush. Në kulmin e funksionimit të tij, aty mbaheshin rreth 800 persona të dyshuar për terrorizëm.

Organizatat ndërkombëtare të të drejtave të njeriut e kanë kritikuar prej vitesh qendrën e paraburgimit dhe kanë kërkuar mbylljen e saj. Megjithëse numri i të burgosurve është reduktuar ndjeshëm, Guantanamo vazhdon të funksionojë dhe mbetet në qendër të debatit mbi trajtimin e të dyshuarve për terrorizëm dhe respektimin e të drejtave të njeriut.